Sekretariatet er ansvarlig for den samlede portefølje af opgaver relateret til arbejdet med biometrisk data, herunder ledelse af digitaliseringsprojekter, dialog med eksterne leverandører, juridiske afklaringer og vedligeholdelse af interne vejledninger og arbejdsprocesser.
Sekretariatet er placeret i Udlændingestyrelsens hoveddomicil i Næstved.